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发生赤潮的海面颜色一定是红色的吗？其实，并不都是红色的，赤潮的颜色主要由引起赤潮的海洋浮游生物的种类来决定的。由夜光虫引起的赤潮成粉红色或棕红色，而有某些硅藻引起的赤潮呈黄褐色或红褐色，由某些双鞭毛藻引起的赤潮呈绿色或褐色，而由膝沟藻引起的赤潮，海水颜色没有明显的变化。所以赤潮并不是像它的名称那样，都是红色的。
引起赤潮的夜光虫
赤潮的发生主要是生物、化学和物理等因素综合作用造成的。在生物因素方面，赤潮生物“种子”群落是赤潮发生最基本的生物因子。赤潮种子可以是所在海区已存有的赤潮生物细胞和底栖休眠孢囊，也可以是其他海区迁移和扩散过来的；在化学因素方面，水体中的营养盐，主要是氮和磷、微量元素（如铁和锰）、特殊有机物（如某些维生素和蛋白质）的存在形式和浓度，直接影响着赤潮的生长、繁殖与代谢，它们是赤潮形成和发展的物质基础；在物理因素方面，水体相对稳定、水体交换率低、以及适宜的水温和盐度等，都是产生赤潮的环境条件。上述三种因素相互作用决定着赤潮的形成、发展和灭亡。
引起赤潮的浮游生物约有100多种，主要有夜光虫、裸甲藻、铠角虫、鼎型虫、角毛硅藻、根管藻、盒型藻、小定鞭金藻、束毛藻等，其中甲藻类是最常见的赤潮生物。在海洋中一旦发生赤潮，会给海洋环境乃至人们生活形成严重的危害。高度密集的赤潮生物，可能堵塞鱼、贝类的呼吸器官，造成鱼、贝类窒息死亡。有些赤潮生物能分泌毒素和其他有害物体，毒害和杀死海洋中的动植物。赤潮生物的残骸在海水中氧化分解，消耗了海水中的溶解氧，从而造成缺氧环境，威胁其他海洋生物的生存。当人们食用了积聚赤潮毒素的海产品，例如蛤类，会造成食物中毒，严重的会死亡。
对于赤潮的起因，从现在人们的研究成果看，认为赤潮与海洋污染有密切的关系。携带各种有机物和无机营养盐的城市生活污染和工业废水大量排放入海，导致海区富营养化，是引发赤潮的基本原因。在目前，赤潮一旦发生，要清除是十分困难的。而防范赤潮的最好办法是切实控制沿海工业和生活污水的任意排入，特别是要控制氮、磷和其他有机物的排放量，以避免海区的富营养化，以预防赤潮的发生。